为了精密导航定位的需要，GPS建立了专用的时间系统，由GPS主控站的原子钟控制。GPST属于原子时系统，其秒长与原子秒长相同，但原点不同。GPST的原点于1980年1月6日0时与协调世界时UTC时刻相一致，以后按原子秒长累积计时。因此GPST是一个连续时间系统，与TAI在任一瞬间均有一常量差，两者关系为TAI=GPST+19秒。GPST与UTC之间存在整数秒的差异，而且随着UTC的润秒不断变化，2012年GPST超前UTC16秒。除了整数秒差异外，GPST与UTC之间还存在不小于1US的差异。GPS通过地面运控系统对GPST进行控制，使得GPST与UTC的这种差异在几百纳秒内。GPS每颗卫星的时间按照自身携带的原子钟运行，卫星信号的发射也是在其时钟驱动下进行的。GPS地面运控系统保证每颗GPS卫星时钟与GPST的差异维持在1US之内。GPS卫星导航电文的第四子帧第18页给出了GPST与UTC之间差异量的参数。A0和A1是计算秒内偏差的两个系数。Tot为协调时的参考时间。GPST与UTC之间的差异量可计算出。