北斗系统时间与GPS系统时间一样，也属于原子时系统。它的秒长是由地面主控站，监控站和卫星上所有的原子钟，通过对比测量，得到一个实时运控的时间尺度，并受UTC得到。

　　北斗时间系统起始历元为2006年1月1日协调世界时0时0分0秒为北斗授时系统的原点;北斗授时系统是原子时，不作闰秒调整。累积86400秒为1日，累积604800秒为1个星期。

　　2006年1月1日的0时所在的星期为起始周，不间断累加计数。但是需要特别指出的是，在北斗导航电文播发的各种消息中，对不同用途的消息，所设计的北斗时间系统周数消息的二进制比特位数各不相同，并且是有限的，如周计数消息是13比特，对应的数是0至8191周约158年;因存置消息的“比特位数受限制”所导致翻转重新置零，会使电文消息中的北斗时间数值出现0周和类似GPS的所谓千年虫问题。

　　不过北斗WN电文中出现0周的概率远比GPS小。150年才会有一次。这就是北斗系统导航电文设计时从GPS吸取的经验。北斗时间系统的秒内周期数也是北斗RNSS业务中使用频繁的时间计量单位。

　　在北斗RNSS业务D1,D2卫星导航电文中，每1子帧的第19至26比特和第31至42比特给出的SOW计数值小为0，不超过604800秒，与北斗时间系统的秒对应。它在每星期日0时0分0秒开始周计时。累加递增，经过1周后又返回为零;同时北斗时间系统的星期数也递增1。有时也将星期日的0秒称为该周的参考原点。

　　需要指出的是，北斗导航电文在1超帧结构中有24个主帧，每个主帧又包括5个子帧。